Perbedaan sel Prokariotik dengan sel Eukariotik terbagi 6 , yaitu :
1. Ada tidaknya membran inti 
- Prokariotik : Tidak punya
- Eukariotik  : Punya
 
2. Ukuran
- Prokariotik : 1-10 mili mikron 
- Eukariotik  :10-100 mili mikron
3. Bentuk kromosom
- Prokariotik : Sirkuler ( Melingkar ) 
- Eukariotik  : Linear ( Garis )
4. Ada tidaknya plasmid
- Prokariotik : Punya 
- Eukariotik  : Tidak punya
5. Jumlah RNA
- Prokariotik : Sedikit 
- Eukariotik  : Banyak
6. Organel penghasil energi
- Prokariotik : Mesosom 
- Eukariotik  :Mitokondria
